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山东中医药大学原为山东中医学院，创建于1958年，是新中国早期建立的中医药高等学府之一。1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1978年获得硕士学位授予点，1981年成为山东省重点高校，1986年获得博士学位授予点，1996年更名为山东中医药大学。2007年学校主体搬迁至扁鹊故里长清。
学校是山东省人民政府和国家中医药管理局共建院校、省级文明校园、省高水平学科和高水平大学。总占地2182亩，建筑面积75万平方米，现有位于济南市的长清校区、千佛山校区、国际医学中心校区和位于青岛市的海洋中药研究院（青岛中医药科学院）。全日制在校生23695人，其中本科生17770人，研究生5925人。图书馆馆藏纸质书刊138.7万册，电子图书80.8万册，古籍善本3万余册，是山东省古籍重点保护单位。设置18个教学机构、5个科研机构、5个教辅机构，3个直属附属医院。
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